新冠病毒已產(chǎn)生149個(gè)突變點(diǎn) 兩個(gè)亞型傳染力有差異

新冠病毒如何進(jìn)化？是否已經(jīng)發(fā)生突變？是目前學(xué)界研究的焦點(diǎn)之一。2020年3月3日，中國(guó)科學(xué)院主辦的《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》（National Science Review）發(fā)表的論文《關(guān)于SARS-CoV-2的起源和持續(xù)進(jìn)化》（On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2）對(duì)以上問(wèn)題進(jìn)行了解答。

論文通訊作者為陸劍研究員（北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物信息中心）、崔杰研究員（中國(guó)科學(xué)院上海巴斯德研究所）。

論文對(duì)目前為止**規(guī)模的103個(gè)新冠病毒全基因組分子進(jìn)化分析，取得很多重要發(fā)現(xiàn)。

1.新冠病毒毒株已發(fā)現(xiàn)149個(gè)突變點(diǎn)

基于對(duì)103個(gè)測(cè)序病毒株的核酸測(cè)序結(jié)果，**發(fā)現(xiàn)的突變中，發(fā)現(xiàn)43個(gè)同義突變，83個(gè)非同義突變。

多數(shù)突變?yōu)橥x突變的單例（67.4％（29/43））和84.3％（70/83）非同義突變），作者認(rèn)為這顯示*近的突變起源還是種群增長(zhǎng)。

在103個(gè)測(cè)序病毒株中，科學(xué)家共發(fā)現(xiàn)149個(gè)突變位點(diǎn)。

2.新冠病毒被分為S型和L型

研究人員表示，目前并沒有發(fā)現(xiàn)病毒株之間基因重組的證據(jù)，但是研究人員發(fā)現(xiàn)納入研究的103株病毒株中有101株在位置8,782和28,144處的核苷酸顯示出明顯的連鎖關(guān)系，72個(gè)病毒株表現(xiàn)出“ CT”單倍型（定義為“ L”型，因?yàn)門28,144位于亮氨酸的密碼子中），29個(gè)病毒株表現(xiàn)出“ TC”單倍型（定義為“ S”型，因?yàn)镃28,144位于絲氨酸的密碼子中）。占比上看，L亞型更為普遍達(dá)到70%，S亞型占30%。通過(guò)與其他冠狀病毒比較，作者發(fā)現(xiàn)S型新冠病毒與蝙蝠來(lái)源的冠狀病毒在進(jìn)化樹上更接近，從而得出S型相對(duì)更古老的結(jié)論。

3.新冠病毒亞型具有地域、時(shí)間差異性

為測(cè)試兩種類型的新冠病毒在時(shí)間和空間上是否存在差異分布，研究者根據(jù)分離的位置和日期對(duì)病毒進(jìn)行分層。

SARS-CoV-2病毒的單倍型分析（注：藍(lán)色代表L型，紅色代表S型。橙色箭頭表示L型是從S型演變而來(lái)的。研究者用病毒采集地理位置和隔離病毒的日期。）

從武漢分離出的27種病毒中，有26種（96.3％）是L型，只有1種（3.7％）為S型。但是，在武漢以外的其他73種病毒中，有45種（61.6％）L型，其中28種（38.4％）為S型。比較表明，武漢地區(qū)L型新冠肺炎的流行率明顯高于其他地方（P = 0.0004）。

此外，研究人員還發(fā)現(xiàn)2020年1月7日之前分離出的26個(gè)樣本全部來(lái)自武漢，2020年1月7日開始收集的74個(gè)樣本中，只有一個(gè)來(lái)自武漢，有33個(gè)來(lái)自中國(guó)其他地方，40個(gè)來(lái)自中國(guó)以外的毒株。L型在2020年1月7日之前（96.2％，25 L和1 S）比2020年1月7日之后（62.2％，46 L和28 S）的更普遍（P = 0.0008）。

研究者還表示，L型比S型更具攻擊性，但L型毒株在武漢初次爆發(fā)后有所減少，這可能和2020年1月以來(lái)，中國(guó)中央和地方政府采取了迅速全面的預(yù)防和控制措施。這些人為干預(yù)措施可能會(huì)對(duì)L型造成嚴(yán)重的選擇性壓力，使得L型毒株更具侵襲性。而S類型可能具有受到人為干預(yù)的選擇性壓力較弱。目前尚不清楚L型在進(jìn)化過(guò)程中是如何從S型演化而來(lái)的。

4.除了S型和L型，可能存在其他突變型

這103個(gè)樣本顯示，大部分患者只感染了L亞型或S亞型中的一個(gè)。不過(guò)，1月21日從一名有過(guò)武漢旅行史的美國(guó)患者（USA_2020 / 01 / 21.a，GISAID ID：EPI_ISL_404253）分離出的病毒株，在兩個(gè)位置8,782和28,144的基因型均為Y（C或T），顯示其可能同時(shí)感染了L型和S型新冠病毒。

但目前尚不清楚該患者所感染的L型和S型病毒是否由多次感染所致，經(jīng)搜索新型冠狀病毒基因組庫(kù)后，尚無(wú)其他患者同時(shí)感染L型和S型病毒證據(jù)。作者表示目前還無(wú)法排除新突變型的可能性。

結(jié)語(yǔ)：

研究者表示，在這項(xiàng)研究中，數(shù)據(jù)仍然非常有限，目前研究結(jié)果顯示新型冠狀病毒進(jìn)化過(guò)程日趨復(fù)雜，新型冠狀病毒不同等位基因競(jìng)爭(zhēng)機(jī)制的需要進(jìn)一步進(jìn)行研究。但對(duì)不同亞型的深入了解，將有助于新冠肺炎的差異化治療和防控。

參考文獻(xiàn)：

Xiaolu Tang , Changcheng Wu , Xiang Li , Yuhe Song , Xinmin Yao, et al. On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2 ；https://academic.oup.com/nsr/advance-article-abstract/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463 by guest on 04 March 2020